Личный кабинет
<< Вернуться к новостям

Стажировка сотрудников направления геномики и молекулярной биологии НИЦ «Черкизово»

С 20 по 24 февраля 2017 года три сотрудника направления геномики и молекулярной биологии НИЦ Черкизово (Ткачик Т.Э., Шепелева О.А., Анисифоров Д.В.) прошли стажировку в лаборатории R&D центра компании Thermo Fisher Scientific, Лион, Франция. Цель стажировки - секвенирование и филогенетический анализа последовательностей вируса РРСС (респираторно-репродуктивного синдрома свиней) по генам ORF 5 и ORF 7.

За время обучения сотрудники были ознакомлены с особенностями хранения образцов оральных жидкостей и сыворотки крови свиней; провели  подготовку образцов к выделению и непосредственно выделение РНК с помощью магнитных частиц на приборе King Fisher Flex. После проведения реакции амплификации и анализа качества полученного ПЦР-продукта, были отработаны различные методики очистки полученного продукта для дальнейшего секвенирования. Были получены рекомендации по использованию различных наборов для очистки различного качества ПЦР-продукта.

На этапе подготовки образцов к секвенированию была уточнена программа амплификации очищенного ПЦР-продукта перед секвенированием и проведена вторая очистка полученного продукта также с помощью различных наборов.

После получения в результате секвенирования образцов ряда последовательностей генов ORF 5 и ORF 7 вируса РРСС, проведен анализ  последовательностей с использованием различных компьютерных программ. Обсуждены возможности анализа результатов сиквенса последовательностей в доступных компьютерных программах (платных и бесплатных).

В процессе обучения были получены рекомендации по выбору реагентов различных производителей для каждого этапа исследования на основании качества работы реагента, удобства его хранения и использования, простоты методики и прочее. Обсуждены и уточнены основные принципы подбора праймеров.

В заключительной части обучения был организован круглый стол со всеми сотрудниками R&D центра. Предметом для обсуждения и поиска оптимальных решений стал вопрос использования таких сложных материалов для анализа как оральные жидкости, значения Сt европейского и американского генотипов РРСС в образцах из разных стран. В дополнение была представлена презентация по применению абсолютно новых наборов для выделения ДНК/РНК с помощью магнитных частиц, которые позволяют сократить время выделения нуклеиновых кислот до 27 минут.